В 1748-1760 раскопки велись под руководством Р. Дж. Алькубьерре, который принял найденный город не за Помпеи, а за Стабии, также погибшие в результате извержения Везувия. Сначала раскопки производились в районе пересечения via di Nola и via Stabiana, в амфитеатре и на "вилле Цицерона", и охватывали совершенно не связанные между собой участки. Поэтому не наблюдалось никакой систематизации, и не было сделано значимых открытий. До 1755 года Помпеи оставались заброшенными и посещались лишь "чёрными" археологами. В дальнейшем раскопки велись следующим образом: в лаве пробивали тоннели, если не случалось интересных находок, место работ переносили. При освобождении зданий от грунта не придавалось особого значения сохранению древней архитектуры. После раскопок участок вновь засыпали землей. Из находок отбиралось всё самое ценное, а остальное уничтожалось. Данная практика была прекращена лишь после протестов со стороны видных европейских ученых.
В 1760-1804 раскопками в Помпеях руководил Ф. ле Вега. При нём в первую очередь были изучены два района - Театральный и via de la Tombe. Было введено множество новшеств. Вынутый грунт отныне вывозился за территорию Помпей. Если до этого все находки отправлялись в королевский музей Неаполя, то теперь артефакты оставались на своих местах и были выставлены на всеобщее обозрение. Важнейшим нововведением ла Веги была реставрация открытых памятников.
До 1798 года был исследован почти весь 2 сектор VIII района, включавший Большой театр, Одеон, Криптопортик, Самнитскую палестру, Треугольный форум и несколько храмов. Были проведены раскопки вдоль городской стены для определения расположения ворот и улиц.
В 1807-1838 руководителем раскопок был М. Ардити. При нём все части города были очищены от вулканических обломков. Однако работы велись гораздо медленнее чем раньше. К 1815 году были раскрыты здания, прилегающие к Гражданскому форуму, часть via delle Tombe, базилика, храм Аполлона и некоторые участки VIII района.
В 1839-1850 раскопками управлял М. Авеллино, а в 1850-1863 - С. Спинелли. К концу данного периода была открыта большая часть VI района, отрезок via Stabiana между двумя декуманами Помпей и здания по ее обочинам, прилегающая к Гражданскому форуму часть VIII района и сам форум, Стабианские термы и участок VIII района за Театральным кварталом.
В 1863-1875 раскопками руководил Дж. Фиорелли. Еще до своего назначения он разработал систему нумерации помпейских зданий, применяемую и по сей день. Фиорелли разделил город на 9 районов и пронумеровал их против часовой стрелки. При нём выбор домов для раскопок стал систематизирован, постройки очищались от грунта сверху вниз, что способствовало сохранению архитектурных элементов. Живопись, мозаики и прочие украшения интерьера при реставрации оставались на своих местах. В 1870 г. Джузеппе Фиорелли пришла в голову идея заливать пустоты, оставленные телами погибших людей, гипсом, что позволило получить много интересных экспонатов.
С 1875 по 1923 гг. раскопками руководили М. Руджеро, Дж. де Петра, Э. Паис, А. Сольяно и В. Спинаццола. За этот период была закончена расчистка VI района, открыты дома вдоль верхнего декумана via di Nola и нижнего - via dell'Abbondanza. Подверглись раскопкам территория храма Венеры, Везувианские и Ноланские ворота, квартал в VII районе у храма Аполлона, дом Лорея-Тибуртина и многие другие.
В 1924-1961 раскопки велись под руководством А. Маюри. Этот период отмечен как плюсами, так и минусами. К минусам следует отнести быстро пришедшие в упадок раскопы I и II кварталов, где работы проводились в ускоренном темпе. Несомненным плюсом является то, что Маюри впервые обратил внимание на слои, относящиеся к более раннему периоду, чем 79 г. н.э. - времени гибели Помпей.
При Маюри были исследованы Нуцерийский некрополь, Большая палестра, множество жилых кварталов I и II районов, Морские ворота и Пригородные термы.
С 1961 по 1976 управляющим раскопками был А. де Франчишис. При нем исследован только один дом - Юлия-Полибия.
С 1976 по 1984 раскопками руководили Л. д'Аморе, Ф. Дзеви и Дж. Черулли Ирелли. В 1980 году случилось сильное землетрясение, и Ф. Дзеви и Дж. Черулли Ирелли пришлось бросить все силы на устранение разрушений. В этот период были открыты еще два дома в так называемой Insula Occidentale (Западной инсуле) - Дом Золотого Браслета и Дом Фабия Руфа.
В 1984-1994 гг. Управляющим раскопками был Б. Контичелло. При нём завершена научная реставрация, начатая другими археологами, начаты раскопки Дома Непорочных Влюбленных и Дома Летнего Триклиния.
С 1994 года раскопками заведует П. Дж. Гуццо. Он решает организационные и финансовые вопросы музея, ведет реставрацию. За последнее десятилетие в Помпеях реализовано много культурных проектов, осуществлены программы по освещению города.
Намёк на плагиат?